| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 金築 伸佳 | 0:48:40 | 北海道大学 |
| 2 | 西岡 利泰 | 0:51:32 | 北海道大学 |
| 3 | 熊谷 智之 | 0:53:16 | 岩手大学 |
| 4 | 長谷川 啓 | 0:54:08 | 北海道大学 |
| 5 | 桧山 亮 | 0:54:59 | 北海道大学 |
| 6 | 纓坂 尚 | 0:55:04 | 早稲田大学 |
| 7 | 山田 雄一郎 | 0:56:08 | 早稲田大学 |
| 8 | 榊原 幸一郎 | 0:56:47 | 東京農工大学 |
| 9 | 森脇 崇 | 0:56:53 | 東京大学 |
| 10 | 中山 敏 | 0:57:08 | 大阪大学 |
| 11 | 高石 哲 | 0:57:53 | 慶應義塾大学 |
| 12 | 松井 貴史 | 0:58:07 | 静岡大学 |
| 13 | 内藤 愉考 | 0:58:17 | 静岡大学 |
| 14 | 井上 和仁 | 0:58:23 | 筑波大学 |
| 15 | 鈴木 健一郎 | 0:59:33 | 新潟大学 |
| 16 | 宮田 賢太郎 | 1:00:24 | 早稲田大学 |
| 17 | 加藤 裕明 | 1:01:49 | 東京工業大学 |
| 18 | 中村 貴史 | 1:02:00 | 大阪市立大学 |
| 19 | 船田 賢 | 1:02:21 | 筑波大学 |
| 20 | 井ノ川 智史 | 1:02:26 | 東京工業大学 |
| 21 | 杉尾 光 | 1:02:56 | 金沢大学 |
| 22 | 川口 大貴 | 1:02:59 | 茨城大学 |
| 23 | 澁谷 直人 | 1:03:29 | 東北大学 |
| 24 | 金田 岳志 | 1:03:37 | 東京工業大学 |
| 25 | 山本 俊光 | 1:05:20 | 東京大学 |
| 26 | 高鶴 哲也 | 1:06:02 | 筑波大学 |
| 27 | 細田 直稔 | 1:06:07 | 茨城大学 |
| 28 | 間畠 真嗣 | 1:06:08 | 京都大学 |
| 29 | 仁平 祐輔 | 1:07:42 | 大東文化大学 |
| 30 | 川井 宏一 | 1:08:34 | 東京工業大学 |
| 31 | 中沢 宏紀 | 1:08:59 | 金沢大学 |
| 32 | 木下 直樹 | 1:09:37 | 大阪大学 |
| 33 | 土屋 裕之 | 1:09:47 | 新潟大学 |
| 34 | 松井 哲平 | 1:10:40 | 東北大学 |
| 35 | 石井 秀一 | 1:11:05 | 東京農工大学 |
| 36 | 磯部 健太郎 | 1:11:27 | 新潟大学 |
| 37 | 布施 陽輔 | 1:11:34 | 新潟大学 |
| 38 | 崎山 堅司 | 1:11:37 | 大東文化大学 |
| 39 | 川辺 俊輔 | 1:12:13 | 京都大学 |
| 40 | 洲藤 栄男 | 1:12:21 | 中央大学 |
| 41 | 下西 哲史 | 1:12:24 | 東京大学 |
| 42 | 大塚 弘樹 | 1:12:40 | 東京農工大学 |
| 43 | 小田 尚徹 | 1:13:38 | 早稲田大学 |
| 44 | 守田 匡宏 | 1:13:39 | 京都大学 |
| 45 | 山城 和興 | 1:15:11 | 大東文化大学 |
| 46 | 安孫子 正義 | 1:15:16 | 京都大学 |
| 47 | 永橋 慎一 | 1:15:27 | 金沢大学 |
| 48 | 下林 孝二 | 1:15:52 | 図書館情報大学 |
| 49 | 定方 徹 | 1:17:24 | 東北大学 |
| 50 | 早川 慎吾 | 1:17:27 | 東北大学 |
| 51 | 太田 雄一郎 | 1:17:28 | 名古屋大学 |
| 52 | 塚本 圭 | 1:17:45 | 立命館大学 |
| 53 | 阿部 正浩 | 1:18:16 | 茨城大学 |
| 54 | 富岡 正徳 | 1:18:44 | 東京大学 |
| 55 | 戸田 鉄也 | 1:19:48 | 東北大学 |
| 56 | 岩根 聖二 | 1:19:50 | 大阪大学 |
| 57 | 宮本 光一朗 | 1:20:38 | 京都大学 |
| 58 | 浅井 隆一郎 | 1:20:46 | 慶應義塾大学 |
| 59 | 石関 圭志 | 1:20:49 | 千葉大学 |
| 60 | 杉本 博司 | 1:22:30 | 神戸大学 |
| 61 | 大藤 弘典 | 1:22:39 | 茨城大学 |
| 62 | 藤嶋 大介 | 1:23:02 | 名古屋大学 |
| 63 | 小森 弘之 | 1:23:17 | 名古屋大学 |
| 64 | 葛城 将文 | 1:24:29 | 山口大学 |
| 65 | 中尾 友紀 | 1:31:51 | 大阪大学 |
| 66 | 川上 一弘 | 1:34:09 | 金沢大学 |
| 67 | 山川 智広 | 1:34:49 | 千葉大学 |
| 68 | 垰原 謙吾 | 1:37:24 | 山口大学 |
| 69 | 澤田 尚宏 | 1:41:02 | 富山大学 |
| 70 | 樋口 靖展 | 1:42:53 | 慶應義塾大学 |
| 71 | 高橋 博之 | 1:43:57 | 筑波大学 |
| 72 | 和久田 裕介 | 1:44:33 | 北海道大学 |
| 73 | 山口 英亮 | 1:44:53 | 大阪市立大学 |
| 74 | 塩田 隆幸 | 1:45:01 | 富山大学 |
| 75 | 佐々木 亮 | 1:51:55 | 中央大学 |
| 76 | 富田 和宏 | 1:55:32 | 慶應義塾大学 |
| 77 | 志賀 一博 | 2:01:07 | 東北大学 |
| 78 | 田上 浩司 | 2:04:20 | 山口大学 |
| 79 | 寺田 慎一 | 2:07:02 | 静岡大学 |
| 80 | 野田 崇啓 | 2:12:44 | 東京農工大学 |
| 81 | 狩野 修治 | 2:14:29 | 信州大学 |
| 82 | 鈴木 隆志 | 2:14:39 | 慶應義塾大学 |
| 83 | 大熊 孝佳 | 2:16:51 | 横浜国立大学 |
| 84 | 阿部 宗徳 | 2:23:37 | 図書館情報大学 |
| 85 | 鈴木 正史 | 2:24:19 | 山口大学 |
| 有本 貴生 | DISQ | 新潟大学 | |
| 北島 聡之 | DISQ | 東京農業大学 | |
| 後藤 祐司 | DISQ | 山口大学 | |
| 岡田 茂 | DISQ | 富山大学 |