| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 山本 昇平 | 0:47:49 | 京都大学 |
| 2 | 福澤 昌俊 | 0:52:26 | 筑波大学 |
| 3 | 瀬戸口 洋幸 | 0:52:30 | 東北大学 |
| 4 | 横山 友彦 | 0:52:54 | 東北大学 |
| 5 | 吉田 靖 | 0:53:16 | 大東文化大学 |
| 6 | 船津 陽平 | 0:53:28 | 東北大学 |
| 7 | 駒崎 健一郎 | 0:54:32 | 東北大学 |
| 8 | 安田 広明 | 0:54:36 | 筑波大学 |
| 9 | 立花 聡 | 0:55:15 | 早稲田大学 |
| 10 | 青島 健太 | 0:56:52 | 早稲田大学 |
| 11 | 岡崎 知治 | 0:56:56 | 北海道大学 |
| 12 | 樺沢 直行 | 0:57:01 | 新潟大学 |
| 13 | 薮田 隆俊 | 0:57:56 | 名古屋大学 |
| 14 | 本多 仁 | 0:58:55 | 東北大学 |
| 15 | 玉祖 秀人 | 0:59:13 | 京都大学 |
| 16 | 湯本 悟史 | 0:59:20 | 新潟大学 |
| 17 | 山田 英雄 | 0:59:43 | 京都大学 |
| 18 | 上條 真哉 | 0:59:51 | 静岡大学 |
| 19 | 脇野 昌太郎 | 0:59:54 | 図書館情報大学 |
| 20 | 引地 隆介 | 0:59:56 | 茨城大学 |
| 21 | 山内 進 | 1:01:16 | 東京都立大学 |
| 22 | 雨夜 広之 | 1:01:29 | 静岡大学 |
| 23 | 北山 大祐 | 1:01:38 | 東京農工大学 |
| 24 | 小林 由幸 | 1:02:34 | 新潟大学 |
| 25 | 武村 譲 | 1:04:18 | 北海道大学 |
| 26 | 天野 啓 | 1:04:33 | 東京大学 |
| 27 | 三野 隆志 | 1:04:48 | 北海道大学 |
| 28 | 塩崎 太郎 | 1:06:03 | 名古屋大学 |
| 29 | 工藤 啓太 | 1:07:51 | 新潟大学 |
| 30 | 坂元 拓海 | 1:07:59 | 大阪大学 |
| 31 | 槐 正明 | 1:08:22 | 茨城大学 |
| 32 | 瀧 雅人 | 1:09:22 | 東京大学 |
| 33 | 小林 正晃 | 1:09:27 | 埼玉大学 |
| 34 | 三田 周一 | 1:10:47 | 中央大学 |
| 35 | 矢野 恵生 | 1:10:52 | 大阪大学 |
| 36 | 中田 丈裕 | 1:11:01 | 金沢大学 |
| 37 | 林 真輝 | 1:11:47 | 東京農工大学 |
| 38 | 木村 剛 | 1:11:52 | 東北大学 |
| 39 | 鶴岡 勇誠 | 1:12:35 | 東京大学 |
| 40 | 藤田 雅也 | 1:12:57 | 神戸大学 |
| 41 | 服部 泰久 | 1:13:15 | 信州大学 |
| 42 | 和久井 俊一 | 1:13:25 | 東京工業大学 |
| 43 | 飯泉 祐司 | 1:13:54 | 千葉大学 |
| 44 | 宮内 信輔 | 1:14:54 | 東北大学 |
| 45 | 上田 隆之 | 1:15:13 | 大阪市立大学 |
| 46 | 世田 紘基 | 1:15:40 | 茨城大学 |
| 47 | 山床 晋也 | 1:15:42 | 立命館大学 |
| 48 | 永井 悠文 | 1:18:08 | 筑波大学 |
| 49 | 浜岡 将司 | 1:19:27 | 岩手大学 |
| 50 | 傳道 政男 | 1:20:20 | 大阪市立大学 |
| 51 | 黒澤 直哉 | 1:21:44 | 筑波大学 |
| 52 | 城座 慎一郎 | 1:21:58 | 金沢大学 |
| 53 | 吉田 慎吾 | 1:25:18 | 千葉大学 |
| 54 | 加藤 学 | 1:26:05 | 東京工業大学 |
| 55 | 渡辺 亮平 | 1:27:11 | 新潟大学 |
| 56 | 三谷 智一 | 1:27:28 | 北海道大学 |
| 57 | 渡辺 敬之 | 1:28:05 | 慶應義塾大学 |
| 58 | 満井 智和 | 1:29:20 | 東京工業大学 |
| 59 | 千田 祐介 | 1:30:40 | 岩手大学 |
| 60 | 加藤 晃一 | 1:31:12 | 慶應義塾大学 |
| 61 | 清水 健太 | 1:31:54 | 金沢大学 |
| 62 | 松本 伸也 | 1:34:13 | 山口大学 |
| 63 | 古川 隆之 | 1:34:46 | 富山大学 |
| 64 | 谷口 洋 | 1:34:47 | 山口大学 |
| 65 | 山下 貴史 | 1:34:54 | 東京農業大学 |
| 66 | 山本 光史 | 1:36:13 | 東京農工大学 |
| 67 | 染谷 倫永 | 1:36:22 | 大東文化大学 |
| 68 | 小川 徹郎 | 1:37:09 | 信州大学 |
| 69 | 木村 篤人 | 1:39:31 | 中央大学 |
| 70 | 湯川 康太郎 | 1:39:49 | 千葉大学 |
| 71 | 高田 光孝 | 1:40:35 | 大阪市立大学 |
| 72 | 大東 秀昭 | 1:41:20 | 慶應義塾大学 |
| 73 | 吉川 幸輔 | 1:41:51 | 図書館情報大学 |
| 74 | 成川 研介 | 1:41:58 | 東京慈恵会医科大学 |
| 75 | 白柳 和樹 | 1:42:34 | 筑波大学 |
| 76 | 中村 洋輔 | 1:43:53 | 静岡大学 |
| 77 | 伊藤 潤哉 | 1:52:53 | 名古屋大学 |
| 78 | 中崎 惟人 | 1:54:50 | 東京農工大学 |
| 79 | 佐藤 卓也 | 2:00:20 | 大阪大学 |
| 80 | 手島 健司 | 2:15:07 | 富山大学 |
| 81 | 湯田 晃一郎 | 2:31:41 | 大東文化大学 |
| 竹下 利明 | DISQ | 山口大学 | |
| 岩井 聖 | DISQ | 北海道大学 | |
| 松田 忠典 | DISQ | 京都工芸繊維大学 | |
| 川合 潮 | DISQ | 富山大学 |