| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 武政 泰輔 | 0:46:42 | 筑波大学 |
| 2 | 櫻本 信一郎 | 0:54:32 | 東北大学 |
| 3 | 和田 英也 | 0:55:08 | 金沢大学 |
| 4 | 櫻田 隆之 | 0:55:11 | 筑波大学 |
| 5 | 齋藤 城樹 | 0:55:16 | 東北大学 |
| 6 | 藤本 拓史 | 0:55:49 | 北海道大学 |
| 7 | 猿田 典明 | 0:56:02 | 早稲田大学 |
| 8 | 赤坂 太郎 | 0:56:57 | 早稲田大学 |
| 9 | 木村 建二郎 | 0:56:59 | 金沢大学 |
| 10 | 村上 雅昭 | 0:58:01 | 筑波大学 |
| 11 | 徳江 勇樹 | 0:58:05 | 東京工業大学 |
| 12 | 米村 義剛 | 0:58:42 | 慶應義塾大学 |
| 13 | 三浦 智道 | 0:58:43 | 北海道大学 |
| 14 | 岡部 健志 | 0:58:47 | 東京工業大学 |
| 15 | 小島 淳 | 0:58:49 | 千葉大学 |
| 16 | 平井 幹久 | 0:59:14 | 岩手大学 |
| 17 | 井上 哲 | 1:01:06 | 北海道大学 |
| 18 | 宮城島 俊太 | 1:01:27 | 図書館情報大学 |
| 19 | 松田 明野 | 1:01:29 | 東京工業大学 |
| 20 | 樋口 耕平 | 1:01:43 | 東北大学 |
| 21 | 尾崎 洋介 | 1:01:45 | 東京農工大学 |
| 22 | 西畑 俊介 | 1:02:25 | 東北大学 |
| 23 | 原 健太 | 1:02:35 | 京都大学 |
| 24 | 米本 路憲 | 1:03:15 | 東北大学 |
| 25 | 尾島 良 | 1:03:22 | 大阪大学 |
| 26 | 木下 良彦 | 1:03:29 | 新潟大学 |
| 27 | 岡本 健一 | 1:04:07 | 京都大学 |
| 28 | 神谷 実 | 1:05:53 | 早稲田大学 |
| 29 | 熊田 健宏 | 1:08:05 | 東京大学 |
| 30 | 西山 裕己 | 1:08:20 | 東北大学 |
| 31 | 後藤 隆介 | 1:08:21 | 名古屋大学 |
| 32 | 白川 努 | 1:09:07 | 滋賀医科大学 |
| 33 | 坂田 健一郎 | 1:09:23 | 千葉大学 |
| 34 | 柘植 敦司 | 1:09:28 | 静岡大学 |
| 35 | 藤田 泰裕 | 1:09:59 | 静岡大学 |
| 36 | 成田 涼一 | 1:10:41 | 東京大学 |
| 37 | 村澤 良 | 1:11:24 | 東京大学 |
| 38 | 喜友名 剛 | 1:11:35 | 大東文化大学 |
| 39 | 星 大輔 | 1:12:18 | 東北大学 |
| 40 | 渋谷 友紀 | 1:12:36 | 埼玉大学 |
| 41 | 伏見 孝一 | 1:14:00 | 早稲田大学 |
| 42 | 秋山 亮 | 1:14:56 | 北海道大学 |
| 43 | 佐藤 充 | 1:16:00 | 図書館情報大学 |
| 43 | 牧野 雅臣 | 1:16:00 | 京都大学 |
| 45 | 千葉 裕介 | 1:16:17 | 中央大学 |
| 46 | 三輪 俊之 | 1:16:55 | 新潟大学 |
| 47 | 清水 康嗣 | 1:18:31 | 新潟大学 |
| 48 | 米田 稔 | 1:19:16 | 東京都立大学 |
| 49 | 小川 芳弘 | 1:20:14 | 東京農工大学 |
| 50 | 浜野 陽一 | 1:20:17 | 筑波大学 |
| 51 | 斉藤 正樹 | 1:22:50 | 中央大学 |
| 52 | 熊坂 一樹 | 1:23:15 | 新潟大学 |
| 53 | 小島 哲平 | 1:23:45 | 神戸大学 |
| 54 | 渋井 伸和 | 1:24:08 | 慶應義塾大学 |
| 55 | 岸本 誠之 | 1:25:24 | 大阪大学 |
| 56 | 中島 貴彦 | 1:26:39 | 北海道大学 |
| 57 | 加賀 千晶 | 1:27:08 | 名古屋大学 |
| 58 | 長谷川 洋徳 | 1:28:18 | 金沢大学 |
| 59 | 高橋 大輔 | 1:29:17 | 神戸大学 |
| 60 | 山口 雄史 | 1:29:22 | 大阪市立大学 |
| 61 | 楠田 武志 | 1:29:32 | 山口大学 |
| 62 | 田中 淳一 | 1:29:48 | 東京工業大学 |
| 63 | 寺島 正洋 | 1:31:34 | 金沢大学 |
| 64 | 森 鉱治郎 | 1:32:33 | 東京農工大学 |
| 65 | 太田 真敦 | 1:34:54 | 千葉大学 |
| 66 | 平瀬 健一 | 1:46:48 | 横浜国立大学 |
| 67 | 山田 敬祐 | 1:48:30 | 大阪大学 |
| 68 | 伊藤 明 | 1:48:48 | 静岡大学 |
| 69 | 今井 晶 | 1:49:28 | 富山大学 |
| 70 | 平方 宏朋 | 1:51:54 | 山口大学 |
| 71 | 砂原 清人 | 1:54:49 | 東京農工大学 |
| 72 | 井口 栄男 | 1:58:27 | 大東文化大学 |
| 73 | 宇部 敦司 | 2:04:08 | 茨城大学 |
| 74 | 鈴木 将浩 | 2:06:28 | 名古屋大学 |
| 75 | 田部 恭裕 | 2:08:04 | 大阪大学 |
| 76 | 伊藤 洋一郎 | 2:09:29 | 立正大学 |
| 77 | 塚本 正幸 | 2:19:52 | 慶應義塾大学 |
| 78 | 鈴木 能文郎 | 2:41:56 | 中央大学 |
| 79 | 田村 将 | 2:55:09 | 茨城大学 |
| 小林 正典 | DISQ | 慶應義塾大学 | |
| 古賀 登 | DISQ | 山口大学 | |
| 山平 拓也 | DISQ | 大阪市立大学 | |
| 井田 慶介 | DISQ | 茨城大学 |