| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 坂口祐生 | 1:44:08 | 青波走行会 |
| 2 | 内藤一平 | 1:52:37 | 滋賀インカレ2016実行委員会 |
| 3 | 佐野萌子 | 1:57:42 | えきメモOLC |
| 4 | 田中駿行 | 2:03:34 | 阪大olc |
| 5 | 藤本拓也 | 2:11:12 | 皆さん三定コンパ行きましょう!!! |
| 6 | 永瀬 真一 | 2:15:11 | KOLA |
| 7 | 江田黎子 | 2:42:58 | 緑外会 |
| 8 | 瀬領勇司 | 2:51:30 | 京大OLC |
| 9 | 青島千映里 | 3:06:57 | |
| 10 | 瀧澤 明希 | 3:08:02 | 園児(年長) |
| 11 | 藤本雄大 | 3:11:24 | 阪大olc |
| 荒木亮哉 | DISQ | 京大OLC | |
| 竹内佑輔 | DISQ | 阪大olc | |
| 横田 実 | DISQ | KOLA | |
| 岡崎 浩 | DISQ | 晴れの国岡山OLC | |
| 岡崎 盛 | DISQ | 晴れの国岡山OLC | |
| 村本周平 | DISQ | 京都大学 | |
| 松永佳大 | DISQ | テスト期間=ナイトO対策合宿 | |
| 遠藤匠真 | DISQ | 阪大olc |