| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 高橋 雄哉 | 0:41:36 | 図書館情報大学 |
| 2 | 山崎 貴彦 | 0:46:02 | 東京大学 |
| 3 | 大西 康平 | 0:47:41 | 京都大学 |
| 4 | 池 陽平 | 0:51:04 | 北海道大学 |
| 5 | 関谷 茂樹 | 0:53:48 | 東北大学 |
| 6 | 鎌田 健太郎 | 0:55:00 | 新潟大学 |
| 7 | 海老 成直 | 0:57:03 | 中央大学 |
| 8 | 後藤 陽一 | 0:57:05 | 東北大学 |
| 9 | 藤沼 崇 | 0:59:51 | 新潟大学 |
| 10 | 真壁 啓司 | 1:00:24 | 慶應義塾大学 |
| 11 | 宮地 慧 | 1:00:46 | 東海高校 |
| 12 | 櫻木 伸也 | 1:01:00 | 静岡大学 |
| 13 | 山田 祐嗣 | 1:01:27 | 名古屋大学 |
| 14 | 大井 恵介 | 1:01:45 | 東北大学 |
| 15 | 能勢 晃司 | 1:03:30 | 京都大学 |
| 16 | 香川 譲徳 | 1:05:00 | 東京農工大学 |
| 17 | 青柳 健大 | 1:05:45 | 東北大学 |
| 18 | 今野 良介 | 1:07:24 | 早稲田大学 |
| 19 | 土肥 雅人 | 1:07:31 | 金沢大学 |
| 20 | 斎藤 翔太 | 1:10:23 | 桐朋高校 |
| 21 | 松井 弘毅 | 1:11:14 | 東京工業大学 |
| 22 | 津國 真敏 | 1:11:22 | 京都大学 |
| 23 | 山口 拓也 | 1:11:23 | 北海道大学 |
| 24 | 宇野 夏樹 | 1:13:49 | 武相高校 |
| 25 | 阿倍 敬寿 | 1:14:01 | 岩手大学 |
| 26 | 荒井 隆雄 | 1:15:10 | 東京農工大学 |
| 27 | 高瀬 悠太 | 1:16:10 | 東京工業大学 |
| 28 | 土田 智宏 | 1:18:19 | 新潟大学 |
| 29 | 室田 知宏 | 1:19:28 | 京都大学 |
| 30 | 長瀬 裕樹 | 1:20:42 | 東京大学 |
| 31 | 谷 直樹 | 1:22:18 | 龍谷大学 |
| 32 | 多田 奨 | 1:24:30 | 新潟大学 |
| 33 | 長屋 潤 | 1:30:03 | 武相高校 |
| 34 | 鶴井 達也 | 1:31:06 | 名古屋大学 |
| 35 | 真鍋 智史 | 1:36:48 | 武相高校 |
| 36 | 羽賀 岳尋 | 1:40:24 | 東京工業大学 |
| 37 | 前澤 陽平 | 1:41:33 | 東海高校 |
| 38 | 福田 重一 | 1:57:02 | 岩手大学 |
| 39 | 福西 展之 | 2:15:35 | 立命館大学 |