| 順位 | 氏名 | 記録 | 所属 |
|---|---|---|---|
| 1 | 寺垣内 航 | 1:06:16 | 早稲田大学 |
| 2 | 久野 雄介 | 1:08:24 | 東京大学 |
| 3 | 櫻本 信一郎 | 1:09:35 | 東北大学 |
| 4 | 新宅 有太 | 1:10:56 | 京都大学 |
| 5 | 吉田 武生 | 1:11:06 | 京都大学 |
| 6 | 山下 智之 | 1:11:13 | 東京農工大学 |
| 7 | 濱田 尚 | 1:11:49 | 東北大学 |
| 8 | 樋山 邦治 | 1:11:54 | 東北大学 |
| 9 | 青木 博人 | 1:12:42 | 東京大学 |
| 10 | 川上 崇史 | 1:13:51 | 慶應義塾大学 |
| 11 | 小熊 武彦 | 1:14:15 | 東京大学 |
| 12 | 鉾立 裕樹 | 1:15:26 | 東北大学 |
| 13 | 坂本 貴史 | 1:15:45 | 筑波大学 |
| 14 | 小野田 剛太 | 1:16:13 | 京都大学 |
| 14 | 堀江 守弘 | 1:16:13 | 東北大学 |
| 16 | 纓坂 尚 | 1:16:29 | 早稲田大学 |
| 17 | 楠本 俊壮 | 1:16:37 | 京都大学 |
| 18 | 山崎 貴彦 | 1:16:59 | 東京大学 |
| 19 | 櫻田 隆之 | 1:17:36 | 筑波大学 |
| 20 | 尾島 良 | 1:18:31 | 大阪大学 |
| 21 | 蒲池 史卓 | 1:18:33 | 東北大学 |
| 22 | 高橋 元気 | 1:18:41 | 東北大学 |
| 23 | 長谷川 裕 | 1:18:48 | 京都大学 |
| 24 | 菊地 貴志 | 1:18:59 | 東京農工大学 |
| 25 | 三宅 文彦 | 1:19:06 | 名古屋大学 |
| 26 | 天谷 翔吾 | 1:19:12 | 金沢大学 |
| 27 | 後藤 大輔 | 1:20:11 | 東北大学 |
| 28 | 樺沢 直行 | 1:20:32 | 新潟大学 |
| 29 | 大西 康平 | 1:20:33 | 京都大学 |
| 30 | 浜端 紀行 | 1:20:53 | 東京大学 |
| 31 | 小林 隆昭 | 1:22:21 | 千葉大学 |
| 32 | 樽見 典明 | 1:22:35 | 名古屋大学 |
| 33 | 安藤 誠 | 1:22:58 | 東京大学 |
| 34 | 内藤 愉孝 | 1:23:03 | 静岡大学 |
| 35 | 李 敬史 | 1:23:05 | 静岡大学 |
| 36 | 森脇 崇 | 1:23:25 | 東京大学 |
| 37 | 前田 裕太 | 1:23:37 | 東京工業大学 |
| 38 | 樋口 佳和 | 1:23:47 | 東京農業大学 |
| 39 | 松室 隼人 | 1:24:13 | 金沢大学 |
| 40 | 鎌田 健太郎 | 1:24:14 | 新潟大学 |
| 41 | 立花 聡 | 1:24:37 | 早稲田大学 |
| 42 | 岡本 健一 | 1:25:15 | 京都大学 |
| 43 | 山口 卓也 | 1:25:40 | 岩手大学 |
| 44 | 高橋 大輔 | 1:25:46 | 神戸大学 |
| 45 | 高橋 雄哉 | 1:25:49 | 図書館情報大学 |
| 46 | 西岡 利泰 | 1:25:55 | 北海道大学 |
| 47 | 保呂 毅 | 1:26:04 | 京都大学 |
| 48 | 赤坂 太郎 | 1:27:24 | 早稲田大学 |
| 49 | 益本 宇一郎 | 1:30:00 | 東京大学 |
| 50 | 高石 哲 | 1:31:07 | 慶應義塾大学 |
| 51 | 南茂 哲也 | 1:32:48 | 岩手大学 |
| 52 | 田中 淳一 | 1:34:05 | 東京工業大学 |
| 53 | 金枝 敏克 | 1:34:25 | 神戸大学 |
| 54 | 小磯 奈祐 | 1:35:14 | 慶應義塾大学 |
| 55 | 土井 慶紀 | 1:37:42 | 早稲田大学 |
| 56 | 森川 佳太 | 1:41:31 | 山口大学 |
| 57 | 平岡 正紘 | 1:41:56 | 山口大学 |
| 58 | 中村 貴史 | 1:55:45 | 大阪市立大学 |
| 永橋 慎一 | P1 | 金沢大学 | |
| 岩本 俊哉 | P4 | 山口大学 |